Stát nabízí odpočet ve výši 150 procent na výzkum. Firmy se ho ale bojí využít kvůli kontrolám
Česká vláda výrazně navýšila daňovou podporu výzkumu a vývoje. Firmy ji ale kvůli nepředvídatelným kontrolám často nevyužívají. Bez sjednocení přístupu finanční správy tak hrozí, že ambiciózní plány v oblasti inovací zůstanou jen na papíře.
Od ledna 2026 si mohou firmy v Česku uplatnit daňový odpočet na výzkum a vývoj až ve výši 150 procent nákladů, maximálně do 50 milionů korun. Smyslem opatření je podpořit inovace v soukromém sektoru a zároveň snížit firmám daňovou zátěž.
Princip je přitom jednoduchý. Náklady na výzkum si podniky započítají dvakrát. Jednou jako běžný výdaj a podruhé jako odčitatelnou položku. Pokud například firma investuje 5 milionů korun, může si snížit základ daně o dalších 7,5 milionu korun. Při sazbě daně 21 procent to znamená úsporu 1,575 milionu korun. Přesto tento nástroj zůstává výrazně nevyužitý.
Firmy se bojí kontrol, počet žadatelů klesá
Navzdory finanční atraktivitě počet firem, které odpočet využívají, dlouhodobě klesá. Z více než 1300 podniků v roce 2015 jich bylo v roce 2023 už jen 731.
Hlavním důvodem je nejistota spojená s daňovými kontrolami. Ty se často nezaměřují na samotný výzkum, ale na formální nedostatky v dokumentaci. Chybějící detail, nepřesně formulovaný cíl nebo nedostatečná evidence času mohou vést k zamítnutí celého odpočtu.
„Často slyšíme, že se Česko chce stát lídrem v inovacích. Pak ale vidíte realitu, kdy úředníci kontrolují firmy způsobem, který inovace spíš brzdí,“ říká Kateřina Novotná z Deloitte.
Odhad ministerstva financí, že stát letos vybere o 125 miliard korun více než loni, je realistický. Takové jsou závěry čtvrtečního jednání Výboru pro rozpočtové prognózy. Zvýšit se mají výnosy všech daní kromě korporátní a majetkové a silniční. 
Stát čeká tučný rok. Výběr daní má vyskočit o 125 miliard
Money
Firmy navíc čelí riziku, že jim bude odpočet zpětně zpochybněn i po několika letech, a to včetně úroků z prodlení.
Formální požadavky místo reálného výzkumu
Podle odborníků je problémem přehnaný důraz na administrativu. Firmy často vytvářejí speciální dokumentaci jen kvůli kontrolám, přestože jejich výzkum je již evidován v interních systémech. „Firma může mít špičkový výzkum, ale pokud úředník vyhodnotí, že cíle projektu jsou formulovány příliš obecně, zamítne se celý odpočet. A soudy tento přístup opakovaně potvrzují,“ dodává Novotná. Podobnou zkušenost má i společnost Prusa Research.
„Daňová kontrola je pro nás časově i organizačně velmi náročná. Zároveň není vždy jasné, jaká úroveň detailu je pro finanční správu dostatečná,“ říká Ondřej Průša s tím, že větší předvídatelnost a srozumitelné metodické vedení by motivovaly nejen nás, ale i další firmy investovat do výzkumu mnohem více.
Rozhodování soudů zvyšuje nejistotu
Nejednotný přístup potvrzují i soudní spory. Známým případem je společnost Avast, které finanční úřad neuznal odpočet 68,6 milionu korun kvůli způsobu evidence práce zaměstnanců. Naopak firma DEL uspěla až po téměř osmiletém sporu, kdy soud uznal, že finanční správa opomněla část důkazů. „Firmy jako my potřebují právní jistotu, ne každoroční nejistotu, zda kontrola dopadne pokaždé jinak,“ říká majitel DEL Jiří Kabelka.
„Ne každá firma si může dovolit osm let bojovat se státem.“
Bez změny pravidel zůstane podpora nefunkční
Podle odborníků je klíčovým problémem absence jednotné metodiky. Výklad pravidel se liší mezi jednotlivými finančními úřady, což výrazně zvyšuje riziko pro podniky.
Odhad ministerstva financí, že stát letos vybere o 125 miliard korun více než loni, je realistický. Takové jsou závěry čtvrtečního jednání Výboru pro rozpočtové prognózy. Zvýšit se mají výnosy všech daní kromě korporátní a majetkové a silniční.
Stát čeká tučný rok. Výběr daní má vyskočit o 125 miliard
Money
„Stát na jedné straně zvyšuje odpočet na 150 procent, aby podpořil inovace, na druhé straně toleruje přístup úřadů, který firmy od jeho využití odrazuje. To jsou protichůdné signály,“ upozorňuje Novotná. Řešením by měl být jasný a závazný metodický pokyn a otevřenější dialog mezi státem a podnikateli.
Česko zaostává za konkurencí
Daňový odpočet je v Česku jediným nástrojem nepřímé podpory inovací v soukromém sektoru. Pokud nefunguje, neexistuje adekvátní náhrada. Země přitom zaostává za vyspělými ekonomikami. V roce 2023 dosáhly výdaje na výzkum a vývoj pouze 1,8 procenta HDP, zatímco cílem je 3 procenta do roku 2030. Ve špičkových ekonomikách se tento podíl pohybuje mezi 4,5 a 6,5 procenta.
VYŠEL JARNÍ NEWSTREAM CLUB
Soukromí je nový luxus. A možná i nejcennější dovednost dneška.
Jarní vydání magazínu Newstream CLUB se zaměřuje na téma, které dnes řeší miliardáři i běžní lidé – jak si uchovat vlastní prostor v době, kdy jsme neustále online. Soukromé kluby, tiché byty, digitální detox i život na očích veřejnosti.
V novém čísle přinášíme rozhovory s Vendulou Pizingerovou, youtuberem Tarym nebo zakladatelem Smarty.cz Petrem Syrůčkem. Nechybí inspirace ze světa byznysu, stylu ani cestování – a také konkrétní tipy, jak si soukromí znovu vzít zpět.
Jedenácté vydání čtvrtletníku Newstream CLUB je v prodeji na stáncích i v online distribuci Send, kde je možné titul také předplatit. Digitální verzi magazínu lze zakoupit přímo na webu newstream.cz.
Na další číslo magazínu se můžete těšit v červnu.
