Česká vláda výrazně navýšila daňovou podporu výzkumu a vývoje. Firmy ji ale kvůli nepředvídatelným kontrolám často nevyužívají. Bez sjednocení přístupu finanční správy tak hrozí, že ambiciózní plány v oblasti inovací zůstanou jen na papíře.

Od ledna 2026 si mohou firmy v Česku uplatnit daňový odpočet na výzkum a vývoj až ve výši 150 procent nákladů, maximálně do 50 milionů korun. Smyslem opatření je podpořit inovace v soukromém sektoru a zároveň snížit firmám daňovou zátěž.

Princip je přitom jednoduchý. Náklady na výzkum si podniky započítají dvakrát. Jednou jako běžný výdaj a podruhé jako odčitatelnou položku. Pokud například firma investuje 5 milionů korun, může si snížit základ daně o dalších 7,5 milionu korun. Při sazbě daně 21 procent to znamená úsporu 1,575 milionu korun. Přesto tento nástroj zůstává výrazně nevyužitý.

Firmy se bojí kontrol, počet žadatelů klesá

Navzdory finanční atraktivitě počet firem, které odpočet využívají, dlouhodobě klesá. Z více než 1300 podniků v roce 2015 jich bylo v roce 2023 už jen 731. 

Hlavním důvodem je nejistota spojená s daňovými kontrolami. Ty se často nezaměřují na samotný výzkum, ale na formální nedostatky v dokumentaci. Chybějící detail, nepřesně formulovaný cíl nebo nedostatečná evidence času mohou vést k zamítnutí celého odpočtu.

„Často slyšíme, že se Česko chce stát lídrem v inovacích. Pak ale vidíte realitu, kdy úředníci kontrolují firmy způsobem, který inovace spíš brzdí,“ říká Kateřina Novotná z Deloitte.

Stát čeká tučný rok. Výběr daní má vyskočit o 125 miliard

Money

Odhad ministerstva financí, že stát letos vybere o 125 miliard korun více než loni, je realistický. Takové jsou závěry čtvrtečního jednání Výboru pro rozpočtové prognózy. Zvýšit se mají výnosy všech daní kromě korporátní a majetkové a silniční.

Ivana Pečinková

Přečíst článek

Firmy navíc čelí riziku, že jim bude odpočet zpětně zpochybněn i po několika letech, a to včetně úroků z prodlení.

Formální požadavky místo reálného výzkumu

Podle odborníků je problémem přehnaný důraz na administrativu. Firmy často vytvářejí speciální dokumentaci jen kvůli kontrolám, přestože jejich výzkum je již evidován v interních systémech. „Firma může mít špičkový výzkum, ale pokud úředník vyhodnotí, že cíle projektu jsou formulovány příliš obecně, zamítne se celý odpočet. A soudy tento přístup opakovaně potvrzují,“ dodává Novotná. Podobnou zkušenost má i společnost Prusa Research.

„Daňová kontrola je pro nás časově i organizačně velmi náročná. Zároveň není vždy jasné, jaká úroveň detailu je pro finanční správu dostatečná,“ říká Ondřej Průša s tím, že větší předvídatelnost a srozumitelné metodické vedení by motivovaly nejen nás, ale i další firmy investovat do výzkumu mnohem více.

Rozhodování soudů zvyšuje nejistotu

Nejednotný přístup potvrzují i soudní spory. Známým případem je společnost Avast, které finanční úřad neuznal odpočet 68,6 milionu korun kvůli způsobu evidence práce zaměstnanců. Naopak firma DEL uspěla až po téměř osmiletém sporu, kdy soud uznal, že finanční správa opomněla část důkazů. „Firmy jako my potřebují právní jistotu, ne každoroční nejistotu, zda kontrola dopadne pokaždé jinak,“ říká majitel DEL Jiří Kabelka.
„Ne každá firma si může dovolit osm let bojovat se státem.“

Bez změny pravidel zůstane podpora nefunkční

Podle odborníků je klíčovým problémem absence jednotné metodiky. Výklad pravidel se liší mezi jednotlivými finančními úřady, což výrazně zvyšuje riziko pro podniky.

Stát čeká tučný rok. Výběr daní má vyskočit o 125 miliard

Money

Odhad ministerstva financí, že stát letos vybere o 125 miliard korun více než loni, je realistický. Takové jsou závěry čtvrtečního jednání Výboru pro rozpočtové prognózy. Zvýšit se mají výnosy všech daní kromě korporátní a majetkové a silniční.

Ivana Pečinková

Přečíst článek

„Stát na jedné straně zvyšuje odpočet na 150 procent, aby podpořil inovace, na druhé straně toleruje přístup úřadů, který firmy od jeho využití odrazuje. To jsou protichůdné signály,“ upozorňuje Novotná. Řešením by měl být jasný a závazný metodický pokyn a otevřenější dialog mezi státem a podnikateli.

Česko zaostává za konkurencí

Daňový odpočet je v Česku jediným nástrojem nepřímé podpory inovací v soukromém sektoru. Pokud nefunguje, neexistuje adekvátní náhrada. Země přitom zaostává za vyspělými ekonomikami. V roce 2023 dosáhly výdaje na výzkum a vývoj pouze 1,8 procenta HDP, zatímco cílem je 3 procenta do roku 2030. Ve špičkových ekonomikách se tento podíl pohybuje mezi 4,5 a 6,5 procenta.

Realitní CLUB duben 2026

Magazín ukazuje rekonstrukce v celé jejich šíři: od historických objektů proměněných v moderní restaurace přes revitalizace brownfieldů až po projekty, které dávají vzniknout novým rezidenčním čtvrtím. Nechybí ani pohledy významných osobností realitního trhu. Rozhovory s Janem Sadilem, šéfem společnosti JRD, či architektem Janem Klaškou, který působí v americké pobočce ateliéru dánského studia…

Detail a nákup

Odhad ministerstva financí, že stát letos vybere o 125 miliard korun více než loni, je realistický. Takové jsou závěry čtvrtečního jednání Výboru pro rozpočtové prognózy. Zvýšit se mají výnosy všech daní kromě korporátní a majetkové a silniční.

„Když to řeknu stručně, k ničemu dramatickému tam nedošlo. Téměř všichni členové Výboru pro rozpočtové prognózy se shodli v tom, že makroekonomická predikce je realistická. U prognózy rozpočtových příjmů se na tom shodli dokonce úplně všichni. To znamená, že jsme nezjistili, že by si ministerstvo financí někde dělalo nějaký rezervní příjmový prostor, tedy jak se říká vatu,“ řekl Newstreamu předseda Výboru pro rozpočtové prognózy Michal Skořepa.

Realitní CLUB duben 2026

Magazín ukazuje rekonstrukce v celé jejich šíři: od historických objektů proměněných v moderní restaurace přes revitalizace brownfieldů až po projekty, které dávají vzniknout novým rezidenčním čtvrtím. Nechybí ani pohledy významných osobností realitního trhu. Rozhovory s Janem Sadilem, šéfem společnosti JRD, či architektem Janem Klaškou, který působí v americké pobočce ateliéru dánského studia…

Detail a nákup

„Diskusi vyvolalo pouze předpokládané tempo růstu takzvaného deflátoru hrubého domácího produktu, který má vliv na výpočet nominálního HDP, a tedy i na odhad rozpočtových příjmů. Pokud je deflátor vysoký, umožní vám to naplánovat si vysoké daňové příjmy. Proto jsme zástupcům ministerstva financí položili řadu otázek, které se deflátoru týkaly. Ministerstvo financí vysvětlilo, že vyšší deflátor je dán zejména levnějšími dovozy energií, protože problém Hormuzského průlivu bude podle předpokladu jejich základního scénáře eskalovat ještě letos. A že tedy příští rok nebude tak velký odliv peněz kvůli dovozu ropy a zemního plynu,“ podotkl Skořepa.

Dalším důvodem vyššího růstu rozpočtových příjmů podle ministerstva je svižný vzestup platů i mezd, což se podle něj projevilo i v aktuální makro predikci, v níž ministerstvo oproti lednové verzi odhad objemu mezd a platů zvýšilo.

Volné ruce pro vládu?

Jednání Výboru pro rozpočtové prognózy se coby host zúčastnil také člen Národní rozpočtové rady Petr Musil. Členy výboru informoval o důležité novince, která se v oblasti sestavování státního rozpočtu chystá. Do novely zákona o pravidlech rozpočtové odpovědnosti, který má nyní ve třetím čtení projednat Poslanecká sněmovna, byl totiž tento týden načten pozměňovací návrh poslankyně a ministryně financí Aleny Schillerové, který má zásadní význam. „Hlavním problémem toho návrhu je, že pokud sněmovna v prvním čtení vrátí vládě návrh zákona o státním rozpočtu, má pak kabinet volné ruce v další práci. Může rozpočet připravovat bez ohledu na výdajové rámce, které jsou určeny těmi pravidly rozpočtové odpovědnosti,“ řekl Newstreamu Petr Musil.

Podle něho se tato změna de facto dotkne i Výboru pro rozpočtové prognózy. „Pokud totiž bude zákonná novela schválena ve smyslu uvedeného pozměňovacího návrhu, nebude mít činnost Výboru pro rozpočtové prognózy, který posuzuje realističnost makroekonomické predikce a odhadu rozpočtových příjmů, prakticky žádné opodstatnění,“ dodal.

Michal Nosek: Babiš s Macinkou proti Pavlovi. Když se hádají o židli u stolu NATO, ztrácejí místo v sále

Názory

Spor mezi vládou a prezidentem Petrem Pavlem o účast na summitu NATO už dávno není jen technickou hádkou o kompetence. Je to příklad toho, jak se malost domácí politiky přelévá tam, kam by patřit neměla. Na mezinárodní scénu.

Michal Nosek

Přečíst článek